Baru 2020, Alfath Fathier bergabung ke Persija Jakarta untuk bertanding di Liga 1 2020. Nilai Alfath Fathier kala itu Rp3,5 miliar.
Bergabung di Persija Jakarta, Alfath Fathier mendapatkan nomor punggung 66 sebagai pemain bertahan.
Selama di Persija Jakarta, Alfath Fathier pernah disanksi dinonaktifkan selama 2 bulan lantaran skandal pernikahannya, dugaan KDRT dan sederet permasalahan dalam rumah tangganya yang sampai viral di media sosial. ***